Selain bidang makan bergizi gratis, dua negara juga sepakat menjalin kerja sama di bidang hilirisasi dan industrialisasi, energi, maritim, dan pertahanan. PM Ishiba beserta Istri PM Yoshiko Ishiba berkunjung ke Istana Bogor, dan keduanya diterima oleh Presiden Prabowo dalam prosesi upacara penyambutan jajar pasukan.

Selepas mengikuti prosesi penyambutan, yang turut diiringi dentuman meriam, Presiden Prabowo dan PM Ishiba lanjut bertemu empat mata di ruang kerja presiden. Kemudian, PM Jepang dan Presiden RI beserta delegasi masing-masing negara lanjut mengikuti pertemuan bilateral.

PM Ishiba merupakan pemimpin negara asing pertama yang diterima oleh Presiden Prabowo di Istana Bogor setelah Prabowo resmi menjabat sebagai Presiden RI pada 20 Oktober 2024.

Sementara itu, kunjungan PM Ishiba ke Indonesia merupakan rangkaian dari lawatan Asia Tenggaranya sejak 9 Januari 2025. Sebelumnya, PM Ishiba melawat ke Malaysia pada 9–10 Januari.